1. De uitspraak, die betrekking heeft op een vergunning op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 (NB-wet 1998), laat een dilemma zien waarmee appellanten zich vaak geconfronteerd zien. Een vergunning voor, in dit geval, het veranderen van een varkenshouderij wordt aangevraagd en verleend. Bij de toets naar de mogelijke effecten van de aangevraagde verandering wordt onderzocht of er sprake is van een toename ten opzichte van de huidige belasting van een Natura 2000-gebied. Is deze toename er niet, dan is de conclusie – die al vele malen door de ABRvS is onderschreven – dat de verandering niet leidt tot (extra) negatieve gevolgen voor de betrokken Natura 2000-gebieden. Dat de situatie voor de natuur in een Natura 2000-gebied niet gunstiger wordt – en dat in zoverre vergunningverlening geen positieve bijdrage levert aan het verbeteren van de huidige staat van instandhouding – speelt daarbij geen rol.

2. Op zichzelf is deze wijze van toetsing logisch en ook rechtmatig te achten. Het beoordelingskader van plannen en projecten, zoals neergelegd in artikel 6 lid 3 en lid 4 Habitatrichtlijn, vereist immers slechts dat nagegaan wordt wat de (extra) gevolgen zijn van het voorgenomen plan of project. De huidige staat van instandhouding van het betrokken Natura 2000-gebied is daarbij weliswaar belang, maar alleen bij de vraag of het project leidt tot extra effecten ten opzichte van alle gebeurtenissen/activiteiten die al van invloed kunnen zijn op de staat van instandhouding.

3. Naast de verplichting om nieuwe plannen en projecten te toetsen aan de hand van het beoordelingskader van artikel 6 lid 3 en 4 Habitatrichtlijn, bestaat er evenwel een verplichting voor lidstaten om instandhoudings- en passende maatregelen te treffen om, kort gezegd, te zorgen dat het Natura 2000-gebied in een gunstige staat van instandhouding komt en blijft. De verplichting daartoe is neergelegd in artikel 6 lid 1 en lid 2 Habitatrichtlijn. En hoewel in het kader van het verlenen van toestemming van een project of plan wellicht kan worden vastgesteld dat de huidige belasting voor een Natura 2000-gebied niet (substantieel) wijzigt, betekent dit uiteraard niet automatisch dat het Natura 2000-gebied dan ook in een gunstige staat van instandhouding wordt gebracht. Het verlenen c.q. continueren van toestemming voor een bepaalde activiteit kan dus interfereren met de verplichtingen die op lidstaten rusten op grond van artikel 6 lid 1 en 2 Habitatrichtlijn.

4. Deze uitspraak laat echter duidelijk zien dat deze verplichtingen voor de lidstaten niet automatisch inhouden dat een vergunning voor verandering van een bestaande activiteit moet worden geweigerd. Dat is ook logisch; het zijn twee verschillende soorten verplichtingen. Op zichzelf beschouwd kan het zelfs ongerechtvaardigd worden geacht om individuele (rechts)personen die een bepaalde activiteit willen verrichten, te beperken in deze wens omdat lidstaten zelf hun verplichtingen niet op andere wijze, actief, vervullen. Het is dan ook niet zo erg opmerkelijk dat de ABRvS stelt dat artikel 6 lid 3 Habitatrichtlijn slechts vereist dat bij het verlenen van toestemming voor een project vaststaat dat dit project de natuurlijke kenmerken niet aantast en dat niet is vereist dat slechts vergunning voor een project kan worden verleend indien het project de natuurlijke kenmerken van het Natura 2000-gebied verbetert. Ook uit artikel 6 lid 1 dan wel lid 2 Habitatrichtlijn volgt niet dat het bevoegd gezag voor het voldoen aan de in deze leden genoemde verplichtingen moet kiezen voor het weigeren van een vergunning. Het kán echter wel – zie ook het afwegingskader dat op grond van artikel 19e NB-wet 1998 bij vergunningverlening moet worden betrokken.

5. Hoewel dus in de juridische werkelijkheid de verplichtingen van artikel 6 lid 1 en 2 enerzijds en die van artikel 6 lid 3 en 4 Habitatrichtlijn anderzijds goed verdedigbaar strikt gescheiden zijn, is het maar de vraag of hiermee ook de ‘ecologische werkelijkheid’ gediend wordt. Immers, door toestemming te verlenen voor voortzetting of verandering van een bepaalde activiteit, zou er mogelijk wel een situatie kunnen ontstaan waarbij het bereiken van een gunstige staat van instandhouding minder gemakkelijk is, of zelfs aanzienlijk bemoeilijkt wordt. Zou een dergelijke situatie zich voordoen, dan zou vergunningverlening mogelijk wel in strijd zijn met artikel 6 lid 1 en 2 Habitatrichtlijn. Gelet op de ruime vrijheid die lidstaten hebben bij de keuze van maatregelen om te voldoen aan deze verplichtingen ligt het echter niet voor de hand dat een dergelijke situatie zich snel zal voordoen.